23 серпня 2016 року Володимир Ковтунець призначений на посаду першого заступника міністра освіти і науки України. З липня 2016 року він обіймав посаду заступника міністра освіти. Раніше працював заступником директора з наукової роботи Інституту вищої освіти Національної академії педагогічних наук України.
Володимир Ковтунець має досвід педагогічної та наукової діяльності. Багато років є експертом проекту USETI Альянс в Україні. Кандидат фізико-математичних наук, член Українського математичного товариства. Автор 36 наукових праць з математики та інформатики. Володіє англійською та німецькою мовами.
Нагадаємо, 23 серпня 2016 року Кабмін задовольнив заяву Інни Совсун про звільнення з посади першого заступника Міністра освіти і науки України.