Чи буду я отримувати стипендію в наступному семестрі, якщо маю незадовільні оцінки?

Взагалі то кажучи, якщо у Вас залишився не складеним якийсь предмет з літньої сесії, то Вас не мали права допустити до складання заліків та іспитів в зимову і повинні були відрахувати за академічну не успішність.
Описана Вами ситуація не зрозуміла.
Ви могли перескласти семестровий з "проваленого" предмету після завершення літньої сесії. Це дозволило б Вам продовжити навчання але без права на стипендію в осінньому семестрі.

У мене був недопуск з того предмету, тому й перескладати не міг. А взагалі, в нашому університеті відраховують тільки за три провалених предмети.

В будь якому випадку Вам в залікову книжку могли поставити відмітку "переведено на наступний курс" тільки в разі закриття попередньої сесії. А без такої відмітки ви все ще студент попереднього курсу. І за ту сесію у Вас заборгованість.
А обґрунтування не призначення стипендії в пункті 8 Порядку
"8. Для вирішення питань з призначення та позбавлення
академічної або соціальної стипендії (у тому числі спірних),
надання матеріальної допомоги учням, студентам, курсантам вищого
навчального закладу, заохочення кращих з них за успіхи у навчанні,
участь у громадській, спортивній та науковій діяльності, навчальні
заклади утворюють стипендіальні комісії.
У своїй роботі стипендіальна комісія навчального закладу
керується законами та іншими нормативно-правовими актами, які
визначають права і обов'язки учнів, студентів, курсантів вищого
навчального закладу, цим Порядком, статутом навчального закладу.

За поданням стипендіальної комісії керівник навчального
закладу затверджує реєстр осіб, яким призначаються стипендії. "