№ реєстраційної картки і № на контрольно-інформаційному листі різні,це проблема?

Думаю, що це не проблема.
Довідкові телефони

Телефон інформаційної підтримки Українського центру оцінювання якості освіти
(044) 503-37-93

Працює з 9-00 до 18-00,
у п’ятницю – до 16-45.
Перерва з 13-00 до 14-00.

Так, це проблема, на завершальному етапі реєстрації є застереження про необхідність перевірки саме цих номерів - потрібно щоб вони співпадали.