Як здійснюється погодинна оплата праці?

Не розумію суті вашого запитання.

Відповідно до Інструкції про нарахування заробітної плати вчителям, ставки заробітної плати педагогічних працівників встановлюються виходячи із затрат робочого часу в астрономічних годинах (60 хвилин). Короткі перерви, передбачені між уроками, заняттями, лекціями є робочим часом педагогічного працівника. ... проте, наш бухгалтер оплачує лише 45 хв, пояснюючи це роботою по сумісництву. Чи правомірно це?

Такого бути не може, навчальне навантаження вчителя визначається як 1 урок = 1 година, при цьому тривалість уроку може бути 35-40-45 хвилин. Можливо, ваш бухгалтер має на увазі те, що ставка вчителя це 72 години на місяць, а ставка вчителя-сумісника 76,2 години. Ну так це положення тієї ж інструкції.