Как зачисляются льготники?

Да, но рейтинги такие, что если его не рекомендовали как льготника, то и по общему конкурсу его тоже в данной волне не рекомендуют. Но если льготники выше него не подадут оригиналы, на свободные льготные места рекомендуют следующих по льготному списку.

Более чем странный предыдущий комментарий. Не знаю на чем основан.

Если человек не проходит как льготник, но имеет высокий балл, то он уже в первой волне получает рекомендацию.

Если человек не рекомендован как льготник,не рекомендован на общем основании в первой волне, но кто-то из рекомендованных льготников не принес оригиналы, то на свободное место как льготник рекомендуется этот человек при условии, что он идет следующим в рейтинговом списке. Аналогичен механизм и в сл.волне.

Я сказал то же самое, но другими словами, возможно, некорректно выразился.
Со вторым пунктом всё верно, а насчёт первого объясняю: поскольку льготников меньшинство, то практически всегда балл у льготника такой, что с этим баллом по общему конкурсу он точно не проходит. Пример (КНТЭУ, "Финансы и кредит", 135 гос. мест, http://www.vstup.info/2013/196/i2013i196p79091.html): последний рекомендованный льготник имеет 707 баллов, а последний реком. по общему конкурсу 767,7; и следующий за ним льготник с 705,6 баллами не пройдёт и по общему конкурсу (т.к. ниже 767). И так почти везде. А так, конечно, Вы правильно написали.
P.S. Будет намного приятнее увидеть конструктивный комментарий по сути, где и в чём я неправ или что непонятно без личных оценочных суждений ("более чем странный").

А если льготное место одно?

Вот например здесь. Льготное место одно, набор на бюджет 25 человек. Будет ли рекомендован льготник на поступление второй по рейтингу сразу или не будет?

В данном случае будет, как это и отображено на vstup.info (http://www.vstup.info/2013/41/i2013i41p67716.html). Да, для "специалистов" и "магистров" такое встречается, я писал преимущественно для "бакалавров", что и было определённой ошибкой.